Do Nội chiến Syria, việc khai quật Ebla phải ngưng lại vào tháng 3 năm 2011.[218] Đến năm 2013, khu vực nằm dưới sự kiểm soát của nhóm vũ trang đối lập Arrows of the Right (Mũi tên lẽ phải). Nhóm lợi dụng cao điểm này để quan sát đề phòng các cuộc không kích của chính phủ, với tuyên bố cố gắng bảo vệ địa điểm khỏi bị cướp phá.[219] Kẻ trộm đào nhiều đường hầm và phát hiện hầm mộ đầy hài cốt. Hài cốt bị chúng xới tung và vứt bỏ để tìm của quý.[219] Bên cạnh việc khai quật của quân nổi dậy, dân làng gần đó cũng đào bới tìm đồ vật có giá trị. Một số còn dỡ đất về làm lớp gốm cho lò nướng bánh từ đường hầm.[219]

Ngày 30 tháng 1 năm 2020, quân đội Syria chiếm giữ địa điểm cùng các làng phụ cận trong cuộc tấn công Tây Bắc Syria lần thứ 5.[220][221][222]